Es gibt einige Gefahren, die einem auf der Reise durch das Planetensystem begegnen kann. Neben Fallschaden und Sauerstoffmangel, gibt es auch gefährliche Pflanzenarten, die den Astroneer schaden oder sogar töten können. Einige dieser Arten können auf allen Planeten angetroffen werden, andere sind nur auf speziellen Planeten heimisch.
Alle gefährlichen Pflanzen können durch das 
Geländewerkzeug zerstört werden, indem der Boden um die Pflanze abgebaut wird. In dem Fall bleiben Forschungsobjekte, die direkt in Bytes umgewandelt werden können, und Pflanzensamen, die entweder neu angepflanzt oder in der 
Forschungskammer in Bytes umgewandelt werden können, zurück. Unter manchen Pflanzen ist auch ein großes Forschungsobjekt zu finden.
Defensive Pflanzen[ | ]
Defensive Pflanzen greifen einen nur an, wenn man in ihrer unmittelbaren Nähe oder auf ihnen steht.
Knallkoralle[ | ]
Knallkorallen kommen auf allen Planeten in großen Mengen in Höhlen vor. Sie sind harmlos, außer man verändert das Terrain um sie, dann explodieren sie. Steht man zu nah, kann man an der Explosion sterben. Knallkorallen können mit dem Geländewerkzeug aus sicherer Entfernung abgebaut werden.
Eine Ansammlung von Popcoral
Dolchwurzel[ | ]
Die Dolchwurzel ist auf Atrox und Desolo anzutreffen. Sie fährt gefährliche Stacheln aus, wenn man ihr zu nahe kommt. Sie können einen Astroneer mit zwei bis drei Schlägen töten. Auf den ausgewachsenen Dolchwurzel kann man gefahrlos stehen und springen, da sich an der oberen Seite keine Stacheln befinden.
Eine Ansammlung von Dolchwurzeln
Keuchkraut[ | ]
Das Keuchkraut ist eine rundliche grüne Pflanzen mit großen Löchern, die eine rote Membran zeigen. Es kommt auf Atrox und Calidor vor. Wenn der Astroneer in seine Nähe kommt, gibt es ein keuchendes Geräusch von sich und stößt die rote Membran raus, die den Astroneer wegstößt, wodurch er im ungünstigen Fall Fallschaden erleiden kann.
Ein neu gepflanztes Keuchkraut
Stachellilie[ | ]
Bei der Stachellilie handelt es sich um ein stacheliges Seerosenblatt, das in kleinen Ansammlungen an der Oberfläche von Calidor und Atrox gefunden werden kann. Wenn man auf sie rauftritt, wird man in die Luft katapultiert und erhält etwas Schaden. Zusätzlich kann man im ungünstigen Fall Fallschaden erleiden.
Peitschenblatt[ | ]
Das Peitschenblatt sieht aus wie eine Zunge und ist an der Oberfläche von Vesania und Novus heimisch. Wenn man auf es drauf tritt, wird man in die Luft katapultiert und kann im ungünstigen Fall Fallschaden erleiden.
- Lashleaf.png
Hüpfranke[ | ]
Die Hüpfranke ist auf Sylva heimisch. Normalerweise findet man sie in Gruppen von 3 bis 4 Pflanzen an den Hängen von Bergen. Wenn man auf sie drauftritt, erhält man Schaden.
Distelgerte[ | ]
Die Distelgerte ähnelt vom Aussehen her dem Staubblatt einer Blüte. Sie kommen auf Vesania und Novus vor. Kommt man in ihre Nähe, fängt sie an zu zittern und gibt Partikel von sich. Kommt man in ihren Attackradius, schlägt sie nach dem Astroneer aus und stößt ihn weg. Dabei erhält man eine gute Menge Schaden und kann im ungünstigen Fall auch Fallschaden erleiden.
Offensive Pflanzen[ | ]
Offensive Pflanzen haben oft einen größeren Angriffsradius als defensive Pflanzen. Sie schießen Projektile oder geben Giftwolken von sich. Sie reagieren auf Astroneers, die zu Fuß unterwegs sind, aber nicht, wenn sie in einem Fahrzeug unterwegs sind.
Zischrebe[ | ]
Die Zischrebe kommt im Untergrund von allen Planeten vor. Kommt man in ihren Radius, gibt sie eine kleine grüne Giftwolke von sich, die dem Spieler folgt. Nach einer gewissen Strecke verschwindet sie. Holt die Giftwolke einen aber ein, kann dies tödlich enden..
Knalloon[ | ]
Knalloone sind auf der Oberfläche von Glacio anzutreffen. Kommt man ihnen zu nahe, explodieren sie und geben eine Giftwolke von sich. Ist man dabei zu nah an ihr dran, stirbt man.
Katapflanze[ | ]
Katapflanzen sind Pflanzen, die gefährliche Projektile nach einem wirft, wenn man ihr zu nahe kommt. Sie kommt auf der Oberfläche von Vesania und Novus vor, wo ihre Projektile in einer kleinen Giftwolke explodieren, und auf Atrox und Glacio, wo die Projektile richtig explodieren und auch Boden und Gegenstände zerstören. Auf Glacio kommen Katapflanzen außerdem in Gruppen bis 3 Pflanzen vor, was sie besonders gefährlich macht. Unter Ihr findet man oft größere Forschungsobjekte.
Attaktus[ | ]
Attakti spucken gefährliche Projektile nach dem Spieler, wenn er sich in ihrem Radius befindet. Bei den Attakti auf Calidor explodiert das Projektil in einer kleinen Gaswolke, bei den Attakti auf Atrox explodieren die Projektile richtig, dabei wird der Boden und auch Gegenstände zerstört.
Ein Attaktus auf Atrox
Spuckblume[ | ]
Die Spuckblume kommt nur auf Atrox vor. Kommt man ihr zu nahe, zieht sie ihr schirmartiges Blatt ein und sprüht Gift in die Umgebung. Die Giftwolke von den Spuckblumen im Untergrund macht weitaus mehr Schaden als die der Spuckblumen an der Oberfläche.
Eine nicht aktivierte Spuckblume
Eine aktivierte Spuckblume mit Giftwolke
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